Une bactérie ancienne qui devient résistante aux antibiotiques
Dans les laboratoires, une vieille ennemie refait parler d’elle : la bactérie Salmonella enterica serovar Typhi, responsable de la fièvre typhoïde. Présente chez l’être humain depuis des millénaires, elle semble aujourd’hui prendre une longueur d’avance sur la médecine moderne. Une étude génomique publiée en 2022 dans The Lancet Microbe montre qu’elle accumule des résistances à presque tous les antibiotiques courants, ce qui pourrait menacer les traitements oraux, qui restent la principale méthode de soin.
La fièvre typhoïde, une infection ancienne en évolution rapide
La fièvre typhoïde se traite principalement avec des antibiotiques. Cependant, en quelques décennies, la bactérie S. Typhi est devenue résistante à plusieurs médicaments. Elle l’est d’abord aux molécules anciennes comme l’ampicilline ou le chloramphénicol, puis aux fluoroquinolones et aux céphalosporines de 3e génération. Aujourd’hui, l’étude décrit une montée rapide de souches dites XDR, presque totalement insensibles à ces traitements. De plus, des mutations apparaissent qui menacent aussi l’efficacité de l’azithromycine, dernier antibiotique oral efficace dans de nombreux pays.
Une infection ancienne qui s’adapte vite
Selon l’Organisation mondiale de la santé (OMS), la fièvre typhoïde cause chaque année environ 9 millions de cas et entraîne 110 000 décès, principalement en Asie du Sud. La bactérie se transmet par l’eau ou la nourriture contaminée. Elle provoque une fièvre prolongée, des douleurs abdominales et des troubles digestifs. Sans traitement, elle peut être mortelle : la létalité peut atteindre 10 à 30 %, contre 1 à 4 % avec un traitement adapté.
Depuis les années 1990, la résistance de la S. Typhi évolue rapidement. D’abord résistante aux antibiotiques de première ligne, comme l’ampicilline, le chloramphénicol ou le sulfaméthoxazole, elle est devenue résistante aux fluoroquinolones puis aux céphalosporines dans plusieurs pays comme le Bangladesh, l’Inde ou le Pakistan. L’infectiologue Jason Andrews, de Stanford, souligne la gravité de cette situation, en insistant sur la nécessité d’accroître les mesures de prévention, surtout dans les régions à risque.
Les résultats de l’étude de 2022 sur la résistance
Pour mieux comprendre cette évolution, des chercheurs ont séquencé le génome de 3 489 souches de Salmonella Typhi prélevées entre 2014 et 2019 en Népal, Bangladesh, Pakistan et Inde. Ils ont comparé ces données à plus de 4 000 génomes collectés dans le monde depuis le début du XXe siècle. Leur étude montre une croissance rapide des souches XDR, résistantes à tous les principaux antibiotiques, y compris aux céphalosporines de 3e génération, fluoroquinolones et ampicilline.
Les premières souches XDR sont apparues au Pakistan en 2016. Dès 2019, elles représentaient déjà la majorité dans le pays. La diffusion mondiale a été importante : 138 épisodes de propagation internationale et 59 intercontinentaux, principalement depuis l’Asie du Sud vers l’Asie du Sud-Est et l’Afrique. Des cas ont aussi été détectés au Royaume-Uni, aux États-Unis ou au Canada après des voyages. En France, des souches résistantes sont surveillées depuis 2018.
Le dernier rempart : l’azithromycine et la vaccination
Actuellement, l’azithromycine est le dernier antibiotique oral encore efficace contre la typhoïde résistante. Cependant, des mutations du gène acrB associées à la résistance à ce médicament se multiplient en Asie du Sud depuis le début des années 2010. Les experts estiment que cette évolution menace l’efficacité de tous les traitements oraux contre la typhoïde.
Pour lutter contre cette résistance, la prévention est essentielle. L’OMS recommande l’utilisation du vaccin antityphoïdique conjugué (TCV) dans les régions très touchées et pour certains voyageurs. Le Pakistan a intégré ce vaccin dans son programme de vaccination avec le soutien de Gavi en 2019. Par ailleurs, il est conseillé en voyage de boire une eau sûre, de manger bien cuit et de consulter rapidement en cas de fièvre après un déplacement.
